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El proyecto al completo está previsto que finalice en el 2020. El objetivo principal es crear un valle paralelo al Nilo que aumente la superficie de cultivo de Egipto un 10% y cree nuevos núcleos urbanos en donde se genere empleo y nuevas oportunidades que permita la descongestión del valle del Nilo.
El proyecto del canal Jonglei, considerado uno de los proyectos más importantes de integración entre Egipto y Sudán, se detuvo en 1983 debido a la Guerra Civil de Sudán. Su construcción comenzó en 1980. Se trata en su conjunto de un reto para la ingeniería y el medio ambiente, diseñado para hacer un uso total del río Nilo con el objetivo de promocionar el desarrollo humano y económico de regiones semiaisladas y dar empuje a la agricultura. Hasta la terminación del proyecto, 260 km de los 360 totales estaban completados; ya que se cree que un misil destruyó parte de la maquinaria utilizada para construir el canal. El canal busca asegurar el flujo de 4.7 billones de metros cúbicos de agua anualmente, que se distribuirían de manera equitativa entre Egipto y Sudán y proveerían un modelo con iniciativas similares en cuanto a conservación del agua en otras regiones, como en los pantanos de Mashar o las ciénagas de el área de Bahr al-Ghazal. El primer paso incluía la excavación de un canal que proveería aproximadamente 3.8 billones de metros cúbicos de agua. Un segundo canal estaba destinado a doblar esta cantidad, previo acuerdo con los países de los lagos ecuatoriales. La terminación de los trabajos fue un duro golpe para los residentes de la región, tanto en Sudán como en Egipto. Según el equipo de investigación del proyecto, los beneficios se han dejado sentir en una amplia zona, desde Bor, en el sur de Sudán a Kosti en el norte. El proyecto pudo haber desarrollado modernos sistemas de riego y drenaje que habrían puesto fin a la agricultura ligada a los patrones anuales de inundaciones y sequías. La terminación del proyecto también llevó a una considerable pérdida de ganado. Según las estimaciones de una conferencia nacional sobre la paz en 1989, casi 6,6 millones de cabezas de ganado perecieron.
Figura 6. Construcción del canal Jonglei Fuente: Panoramio La región del Canal de Jonglei está habitada por unos dos millones de personas, sobre todo los pueblos y tribus de los Dinka, Nower y Shalak. La economía local depende en gran medida de la temporada de lluvias, que comienza en abril o mayo y dura hasta diciembre. Durante la crecida de los ríos la gente se traslada a regiones más altas, donde se cultivan cultivos dependientes de la lluvia. En enero, la población se traslada a los llanos, donde permanece durante la duración del período seco. Uno de los beneficios más importantes del proyecto era que se regulaban las inundaciones anuales y cambiaban las características principales de la economía de la región, mediante la introducción de la agricultura y otros medios mecánicos de la modernización. El proyecto debía desviar el curso del 25 por ciento del agua que fluye al año a los llanos bajos del río Zaraf y el estuario del Mar al-Jabal, a través de un canal a las represas. Una parte de la tierra que bajo el agua durante más de 20 años habría sido recuperada, lo que dejaría un espacio ideal para la cría de ganado, mientras que el canal habría proporcionado nuevas oportunidades para la pesca. El sur de Sudán se habría beneficiado de la financiación y conocimientos técnicos, permitiendo al gobierno ejecutar sus planes para el desarrollo social y económico en una zona que no está en condiciones de financiar dicho desarrollo por sí mismo. La construcción del canal generó numerosos conflictos. Se consiguieron completar 250 km pero las continuas muertes y secuestros de los trabajadores han paralizado las obras. Después de la firma del acuerdo de paz en 2005 en el sur de Sudán aún no está claro si se va a continuar con el proyecto debido a los diferentes puntos de vista del gobierno del sur y norte de Sudán y Egipto.
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