Este centro surge como una iniciativa del gobierno chileno apoyada por los demás países de América Latina y el Caribe a través de los puntos focales del Programa Hidrológico Internacional (PHI) de la UNESCO. El centro ha sido concebido como una organización coordinadora y articuladora de acciones científicas y tecnológicas orientada hacia un manejo sustentable de los recursos hídricos en zonas áridas, semiáridas y subhúmedas de América Latina y el Caribe.