Bajo la supervisión de la Secretaría General del Territorio y la Biodiversidad, la Dirección General del Agua ejerce, en el ámbito de las competencias del Estado, las siguientes funciones:

• La elaboración, seguimiento y revisión del Plan Hidrológico Nacional y la asistencia a los organismos de cuenca para la elaboración de sus correspondientes Planes Hidrológicos.
• La realización, supervisión y control de los proyectos y obras que, en ejecución de los correspondientes planes, compete ejecutar a la Dirección General del Agua.
• La realización de estudios, proyectos y obras de explotación, control y conservación de acuíferos y de ingeniería sanitaria y tratamiento de aguas, cuando la competencia sea de carácter estatal.
• La vigilancia, el seguimiento y el control de los niveles de calidad de las actividades susceptibles de provocar la contaminación o degradación del dominio público hidráulico.
• El impulso y fomento de las actividades de depuración orientadas a mejorar y, en su caso, eliminar la contaminación de las aguas continentales.
• La elaboración de la normativa y la coordinación de las actuaciones de ámbito internacional en materia de aguas con los organismos del Departamento sin perjuicio de las competencias atribuidas por el ordenamiento al Ministerio de Asuntos Exteriores, así como la programación de los proyectos financiados con fondos europeos.