Los motivos de la creación del CIMA derivan de la asunción por parte de la Comunidad Autónoma de Cantabria de competencias en materia de residuos sólidos urbanos, residuos tóxicos y peligrosos, contaminación atmosférica y de aguas. Además, como base de una política preventiva, tiene competencias en la evaluación de impactos ambientales, control de vertidos, emisiones e inmisiones, caracterización de residuos, seguimiento de impactos ambientales, etc.