El Departamento de Agronomía, uno de los más dinámicos, se encuentra ubicado en la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónomos y de Montes, muy cerca del Centro de Investigación y Formación Agraria de la Junta de Andalucía (CIFA) y del Instituto de Agricultura Sostenible (IAS) del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), con los que mantiene estrechas relaciones para desarrollar su programa de docencia e investigación. Esta formado por 25 Profesores que se reparten en dos áreas de conocimiento, estas son: Producción Vegetal e Ingeniería Hidráulica
Actualmente en el Departamento de Agronomía se están llevando a cabo proyectos o líneas de investigación relacionados con la agricultura mediterránea cuyos objetivos persiguen una mayor eficiencia en la utilización de los recursos naturales. En concreto las investigaciones se centran en el estudio del material vegetal, la adaptación a condiciones de estrés, manejo de enfermedades, relaciones suelo-agua-planta, manejo del riego, etc., en los principales cultivos de la zona.