El objetivo de esta comisión es promover y coordinar los asuntos relacionados con la gestión y el desarrollo sostenible de las aguas y recursos de la Cuenca del río Mekong para lograr el beneficio mutuo de los países ribereños y el bienestar de la población. Con este fin, la comisión lleva a cabo actividades y programas estratégicos y ofrece información científica y asesoramiento político.