La misión del ILEC es hacer avanzar la cooperación internacional para la conservación de los ecosistemas lacustres y promover una gestión de los lagos que sea respetuosa con el medio ambiente. Dicha misión se lleva a cabo fomentando la investigación sobre métodos racionales y adecuados que contribuyan a mantener la armonía entre gestión medioambiental y desarrollo sostenible y a mejorar el conocimiento científico de los ecosistemas lacustres a nivel internacional.