En el año 1998, La fundación Marcelino Botín emprendió un trabajo de investigación de 5 años sobre recursos hídricos (1.5 M€) principalmente enfocado en las aguas subterráneas.

Esto fue seguido con varios seminarios sobre agua y otros proyectos realizados por el Director del Observatorio de Agua, el catedrático Ramón Llamas, con una participación significativa del Departamento de Economía Agraria (Prof Alberto Garrido), de la Universidad Politécnica de Madrid.

El primer seminario se centro en el tema el "Uso Intensivo del Agua subterránea" (Dic 2001). El segundo seminario sobre "La crisis del agua" (June 2004), el tercer seminario sobre Agua y ética (June 2006) y el cuarto (y último seminario) sobre Seguridad Hídrica y alimentaria (Septiembre 2009).

Los resultados de estos proyectos de invetsigación y seminarios han resultado en mas de 13 libros, 17 monografías y 60 artículos en revistas científicas.

Muchos de ellos estan disponible a traves de la web de la Fundación.

Actualmente la Fundación Marcelino Botín, junto con la Complutense y la Universidad Politécnica de Madrid, van a incrementar sus actividades en el tema del agua y en concreto en los temas de la huella hídrica y comercio de agua virtual y la gobernanza de las aguas subterráneas.