El objetivo principal es la formación de especialistas en aguas subterráneas mediante la presentación detallada de las bases teórico-prácticas de la Hidrología Subterránea, de modo que sean directamente aplicables a las diversas situaciones reales que se puedan presentar, primando el criterio hidrogeológico sobre la simple aplicación de reglas.

El CIHS está orientado al estudio de la teoría de los sistemas hídricos subterráneos: su exploración y aprovechamiento, los procesos contaminantes y su posible remediación, su planificación y gestión, así como el conocimiento de la interrelación con otras fases del ciclo hidrológico y con el medio ambiente. Si bien dominan los aspectos relacionados con los recursos de agua, en cantidad y calidad, se tratan también temas acerca de la ingeniería geológica, civil, industrial, minera, ambiental y agronómica.