El documento del Plan Hidrológico del Guadiana determina que el estado del acuífero de Ayamonte es 'malo' debido a efectos químicos y naturales. Es una de las 17 masas de agua subterránea, de las 20 de la demarcación, que el estudio define con riesgo de no cumplir los requisitos medioambientales. Sólo tres masas de agua subterránea de la Cuenca del Guadiana se libran de contaminantes.

Los análisis que se llevaron a cabo en el acuífero ayamontino revelan un exceso de cloruros y sodio, debido a un elevado índice de salinidad, aunque también se han detectado nitratos y nitritos.

La contaminación por estos últimos representa una de las causas más comunes de deterioro de la calidad de las aguas subterráneas en la Demarcación del Guadiana. La mayor parte de las veces, su origen está en fuentes difusas relacionadas con la actividad agrícola y ganadera, 'derivada del uso excesivo e inadecuado de fertilizantes y el aumento del número de estabulaciones', explica el documento.

La evaluación del análisis resta importancia a los problemas de salinización del acuífero porque presenta una tendencia de 'evolución a la reducción', sin embargo pone el acento en los otros índices que achaca a captaciones de agua y a la proximidad de cultivos. El documento subraya que existe 'una problemática acentuada' junto a las aguas subterráneas donde se ha desarrollado una fuerte necesidad hídrica a causa de los cultivos de regadío por las extracciones y por la fertilización nitrogenada. Para corregir estos problemas, el plan contempla actuaciones que tienen por objetivo reducir las extracciones, modernizar los regadíos, instalar cuadalímetros y reordenar los derechos de uso del agua.

Los análisis registrados revelan también que existe contaminación en varios cauces de agua superficial en la provincia de Huelva. Se trata de riveras menores, dos de las cuales se sitúan cerca de la desembocadura del Guadiana y el resto, otras tres o cuatro más, vierten al Chanza.

El PHG apunta a contaminantes urbanos y, algunos puntuales, ganaderos como el origen de estos problemas. Entre las medidas que se proponen están las mejoras o construcción de Estaciones de Depuración de Aguas Residuales que deberá ejecutar la Junta de Andalucía.

El Plan contemplan un presupuesto global de 6.475 millones de euros, a ejecutar en dos períodos, para toda la cuenca del río Aunque este presupuesto se ejecutará dependiendo de que se vayan cerrando obras a partir de la fórmula público-privada.