La zona cuenta con una docena de puntos de control de la calidad de las aguas de los cauces fluviales fijados por la Consellería de Medio Ambiente. Estos emplazamientos en los que periódicamente la Xunta realiza análisis de las características del agua afectan a zonas en las que se realizan captaciones, tramos declarados como piscícolas, puntos desde donde se realizan descargas indirectas al mar de cara al cumplimiento del convenio para la protección de medio marino y también pequeños embalses.

En la zona, hay tres puntos de análisis de calidad ubicados en el río Deza: Estación, Ponte Taboada y Valongo. En el resto únicamente hay uno. Están ubicados en Ponte da Pedra (río Toxa) y en Liñares (Río Liñares). En todos ellos el análisis es trimestral, excepto en los puntos de control fijados por Augas de Galicia en Liñares y en Valongo (río Deza), ya que en ambos casos el análisis tendrá carácter mensual.

Además de en estos puntos de la red de captaciones, también incluye algunos controles para la red Ospar. Uno de ellos se encuentra situado en Vila de Cruces. Por su parte, en el caso de pequeños embalses, hay lugares de control por parte de la Xunta establecidos tanto en el pantano de Touro (Ollares) como en el de Brandariz (Insua).

Aguas de Galicia acaba de adjudicar provisionalmente a la UTE Iproma-Provita por 1.038.324,46 euros los trabajos de control de la calidad de las aguas en la zona de Galicia-Costa, en donde están incluidos la decena de puntos ubicados en las comarcas. La firma debe controlar diversos parámetros de las aguas con una periodicidad fija.