La calidad de las aguas circulantes por el cauce del río Segura ha experimentado una mejora considerable en los últimos años que se puede observar a simple vista con la presencia de diversas especies de aves y anfibios o de pescadores a lo largo del tramo de ribera comprendido entre Murcia y Guardamar del Segura. Los datos que maneja la Comisaría de Aguas de la Confederación Hidrográfica del Segura (CHS) constatan esta tendencia. De hecho, las mediciones para el control de la calidad del agua que realiza periódicamente la CHS están confirmando «el continúo descenso de la contaminación orgánica»; principalmente, en el curso bajo, que ha disminuido de 75 a 4 miligramos de suciedad por litro (mg/l); es decir, al 5%, a su paso por el casco urbano de Orihuela y en el periodo que va de 2000 a 2009. Mientras que en el municipio de Rojales la contaminación en estos momentos es de 5 mg/l, mientras que el registro máximo se alcanzó en 1989 con 45 mg/l. «La tendencia decreciente es acusada y en los meses transcurridos del año 2009 apenas se supera el umbral de los 3 mg/l a partir del cual se considera que existe contaminación orgánica apreciable», se explica desde la Comisaría de Aguas. Con todo, se apostilla, la contaminación orgánica aumenta aguas abajo de Abarán y llega a sus máximos al paso del río por la Vega Baja». Desde el organismo de cuenca se alerta de que las situaciones de mayor riesgo para la calidad de las aguas se producen en caso de episodios de lluvias intensas. Por una parte, debido a que el aumento de caudales de forma natural, tanto en el río como en las ramblas, es aprovechada para vaciar depósitos de residuos acumulados durante meses y así disolverlos al mezclarlos con agua de lluvia. Y, por otro, a que la mayoría de municipios de la cuenca del Segura disponen de un solo colector público que se utiliza tanto para evacuar las aguas residuales como las pluviales.