El Ministerio de Medio Ambiente trabaja en la elaboración del catálogo de Reservas Naturales Fluviales, una fórmula de protección surgida de la reforma del Plan Hidrológico Nacional de 2005 y que permitirá garantizar la conservación de los tramos de los ríos que se mantienen prácticamente vírgenes. La CHG remitirá a Madrid en las próximas semanas su propuesta sobre los cauces de la demarcación que considera que deberían catalogarse como Reserva Fluvial, lo que impide en el dominio público realizar vertidos y construir embalses. En principio, son suceptibles de llegar a formar parte de este catálogo las 66 masas de aguas que se clasfican con un estado de conservación muy bueno. Un trabajo, elaborado por el Centro de Estudios y Experimentación de Obras Públicas (Cedex), identifica 220 kilómetros de la cuenca que presentan un excelente grado de conservación de la vegetación de ribera. Desde la CHG consideran que esta primera catalogación del Cedex debe completarse teniendo en cuenta otras variables, como la calidad de las aguas o el estado de conservación de la fauna, ya que es necesario proteger especies en peligro como el jarabugo, la anguila o la trucha. Una investigación de la Universidad de Córdoba mantiene que las zonas mejor conservadas se encuentran en las cabeceras de la margen derecha que ya forman parte de la red Natura 2000.