La necesidad de establecer protocolos de actuación estandarizados en el ámbito de la ingeniería marítima se ha traducido en el desarrollo del programa ROM, recomendaciones de Obras Marítimas. En este marco de trabajo, la ROM 5.1, “Calidad de las aguas litorales en áreas portuarias”, surge con el objeto de abordar la problemática de la calidad de las aguas portuarias, recogiendo el espíritu y los principios establecidos por la Directiva Marco del Agua, aunque teniendo en cuenta que los aspectos y las actividades portuarias deben estar presentes tanto en el planteamiento general, como en la forma de abordar la problemática y gestión de los sistemas acuáticos. Esta herramienta para la gestión integral de dichos sistemas se fundamenta en un esquema conceptual estructurado en torno a cuatro programas concretos de actuación. Con base en ellos, es posible conjugar la ordenación del territorio acuático portuario con el seguimiento y valoración de su calidad ecológica y química, así como con la evaluación y gestión de los riesgos susceptibles de causar algún tipo de alteración en dichos sistemas. En el presente artículo se sintetizan los aspectos más relevantes de esta Recomendación y los resultados obtenidos de su aplicación en el Puerto de Huelva. Esta labor ha evidenciado que la ROM 5.1 es, en efecto, una herramienta estandarizada y eficaz para llevar a cabo la gestión integral de los sistemas acuáticos portuarios en concordancia con los principios establecidos por la citada Directiva. La aplicación de la ROM 5.1 ha permitido definir las líneas de trabajo a seguir por el Puerto de Huelva, para el control de la calidad de sus aguas, la gestión de datos y la prevención de sucesos contaminantes.