La incorporación de la lógica difusa (fuzzy logic) en la modelización y manejo de ecosistemas acuáticos amplía enormemente las posibilidades de valoración y análisis de estos sistemas. Hasta la fecha, la simulación de los hábitats acuáticos se había venido desarrollando por medio de modelos basados en curvas de preferencia de las principales variables, al aumentar de forma significativa las posibilidades de combinación entre ellas. Además, incorpora el conocimiento y valoración de expertos. La simulación de hábitats piscícolas y la determinación de regímenes de caudales ambientales son dos de las aplicaciones fundamentales, dentro de la gestión de los recursos hídricos, en las que es posible aplicar esta herramienta. En este artículo se revisan las principales ventajas de la utilización de la lógica difusa en comparación con las técnicas clásicas, y se ofrece un ejemplo práctico de aplicación de ambos procedimientos, en un tramo del río Lozoya (Madrid). Los resultados muestran las importantes diferencias que surgen del uso de una u otra metodología y, en especial, las notables ventajas que para la labor de los técnicos puede ofrecer el uso de los modelos basados en lógica difusa.