Todas las plantas de tratamiento de aguas residuales tienen problemas de funcionamiento. Muy pocas plantas de lodos activos nunca han sufrido problemas; sin embargo, otras, sufren estos problemas de manera habitual. El muestreo rutinario y el análisis químico es caro, exigente y su interpretación no siempre es clara. Por el contrario, el examen microscópico en las plantas de tratamiento es un proceso simple, barato y ofrece una amplia información sobre las causas probables de los problemas detectados. Sus resultados pueden ser útiles para optimizar el rendimiento de la planta y asegurar que ésta es capaz de rendir de forma adecuada reduciendo los costos de energía y la producción de lodos.