El objetivo principal de BALWOIS 2006 es ofrecer una reunión a escala internacional y regional que fomente el progreso del conocimiento en los ámbitos de la investigación científica, la educación, las acciones políticas y de desarrollo, así como en los asuntos relacionados con el agua y el cambio climático, la reducción de riesgos o la evaluación, gestión y protección de los recursos hídricos.

Los principales temas de esta conferencia son:

-clima y medio ambiente;
-regímenes hidrológicos y balance hídrico;
-sequías e inundaciones;
-gestión integrada de los recursos hídricos;
-protección de las masas de agua y ecohidrología;
-lagos;
-modelización hidrológica;
-sistemas de información para el apoyo en la toma de decisiones.