El estudio del estuario del Guadalquivir encargado al Centro Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) aborda la petición de los arroceros y la de Doñana 2005 de desmantelar el muro del río que separa la zona de agua dulce de las mareas. En el caso de los arroceros, el documento expone que una ampliación de la superficie de arrozal -mejorando el sistema de bombeo, construyendo cinco balsas de almacenamiento y una nueva conducción para el suministro- supone aumentar la demanda de agua dulce que circula por el estuario, lo que "reduce aún más la biodiversidad del sistema, favorece un poco más los episodios de toxicidad (del agua) y condiciona la única alternativa posible que se puede manejar para controlar episodios de turbidez extrema o de toxicidad". La falta de oxígeno que genera toxicidad es otro problema del estuario debido a la poca luz que entra en sus aguas turbias.

Respecto al desmantelamiento del muro del río en Doñana, los expertos dicen que su desaparición "salinizará entornos que hoy son dominios de agua dulce", al potenciar la inundación por la marea de algunos llanos mareales. Añaden que también generaría "asimetría" entre el llenado y vaciado del estuario, corregiría el desequilibrio de la desembocadura y aumentaría el volumen de agua y sustancias exportado hacia el mar el cada ciclo de marea.

La construcción de nuevas instalaciones en la margen izquierda promovida por los municipios del estuario se considera que contribuye a canalizar y controlar el desplazamiento del flujo de descarga (fluvial) por aquella margen y favorece la profundización asimétrica del canal de navegación y de las secciones transversales de la desembocadura.

Los expertos entienden que de estas tres actuaciones, las que más afectan también a la biodiversidad del estuario son la de los arroceros y construcciones.

En el relato de los "factores críticos" que afectan al estuario, es decir, los déficits que condicionan su evolución, los expertos citan siete elementos. Primero, la ocupación de los llanos mareales para desarrollos agrícolas y el control del acceso a los terrenos del Espacio Natural Doñana han reducido el prisma de marea (capacidad del estuario para dispersar los contaminantes que penetran) y han forzado un estuario con dominio de la llenante.

Segundo, advierten que el estuario está en desequilibrio y se están dando dificultades en la entrada de agua para las industrias salinera y acuicultura. Se recomienda dragar en un futuro para mantener la alineación del canal de navegación. Tercero, la presa de Alcalá del Río (donde empieza el estuario), al controlar la descarga de agua fluvial, provoca la reducida renovación del agua en la parte alta del estuario. Cuarto, las márgenes se erosionan por la demanda de sedimentos que provoca el dragado natural o artificial. Quinto, que más del 80% de los días del año la descarga de agua fluvial en el estuario es "insuficiente" para evitar que las masas de agua estén bien mezcladas y se estratifiquen. "Al tener sólidos en suspensión limitan severamente la fotosíntesis y la diversidad biológica, y se favorece la presencia de fotoplancton tóxico en el estuario". Sexto, el fuerte desequilibrio actual del ecosistema del estuario impide que atraiga especies de interés pesquero. Séptimo, viento, oleaje y obras aumentan la toxicidad y turbidez.