Los expedientes por obras superaron en el 2006 a los de contaminación por aguas residuales. Pesticidas, purines e insuficiente depuración son algunos de los frentes La contaminación de las aguas -una vez el Miño fue cortado y embalsado- es el principal problema de un cauce aún muy rico, pero con zonas de baja calidad en el estío por eutrofización (enriquecimiento en nutrientes que, en exceso, disminuye la calidad de las aguas). Aunque, según algunas fuentes, la UE se planteó declarar tres áreas vulnerables en el curso alto, aguas arriba de Portomarín y abajo de Ourense, los controles de fósforo realizados por la Confederación Hidrográfica del Norte (CHN), correspondientes a los meses de septiembre, desde el 2000 al 2006 revelan niveles por debajo del objetivo de calidad para salmónidos que está en 0,2 miligramos por litro. Estos análisis se realizaron en los embalses de Frieira, Castrelo, Velle, Peares y Belesar. Las condiciones más favorables para la eutrofización se daban en septiembre del 2004 en Os Peares, con 0,14 miligramos por litro. En enero, abril, septiembre y diciembre del 2006 hubo niveles anormalmente altos de nitrógeno en el río, pero, según la CHN, la valoración global de las aguas es buena, «una envidia para el resto de las cuencas españolas». Pescadores consultados critican los vertidos de purines o la nula desfosforización en depuradoras de ciudades y villas. La de Lugo, desbordada ante el aumento de población, está en obras. El coto de Quinte tardará en recuperarse. Dicen que los vertidos de agroindustrias, polígonos y la concentración resultante convierten durante el verano algunas zonas en cloacas malolientes. La sequía enseñó tramos del lecho del Miño con truchas arrinconadas que enferman por la contaminación y la falta de oxígeno. Las sanciones por derivación irregular de aguas aumentan y se ha revisado el censo de concesiones, la mayoría de riegos. Con todo, la incidencia más seria es el nivel de pesticidas en la cuenca del Louro. A río grande, salmones grandes, y los del Miño llegaron a pesar 20 kilos y remontar hasta Lugo. El pasado año se pescaron cinco a la caña hasta Frieira (oficialmente otros 12 cayeron en las redes del Baixo Miño), donde el no inaugurado funicular de remonte continúa sin cámara de verificación. Parte de las anguilas que se acumulan en las compuertas son transportadas por carretera a regatos y afluentes. Se les supone una alta mortalidad al ser turbinadas en varias presas durante su regreso al mar. Lamprea, sábalo o saboga son otras especies desalojadas de la mayor parte del río. Tras el desarrollo hidroeléctrico, el cemento sigue llegando al Miño, que ha sufrido obras como las de la A-6, otras vías y puentes en el curso medio, paseos fluviales y encauzamientos. Si en el 2005 los expedientes sancionadores por aguas residuales superaban los abiertos por obras (117 frente a 77), en el 2006 los de trabajos en la cuenca (125) superaron a los de vertidos (105), derivación de aguas (91) y los abiertos por otros motivos (85). Se instalan numerosas estaciones de control, y se espera un saneamiento integral.