Uno de los impactos más claros que tendría el trasvase del Ebro en origen lo registraría el embalse de Mequinenza, que vería cómo su lámina de agua experimentaría un descenso medio anual de hasta 3,02 metros. La declaración de impacto ambiental de la cesión de aguas indica que se produciría en este pantano "una serie de cambios motivados por el uso del mismo como elemento regulador de las transferencias en origen". Ese descenso de 3,02 metros de media supondría una aumento en la oscilación actual de la lámina de agua, que en el futuro sería "más lenta" pero "de mayor amplitud".