La cuenca costera de Benin cubre una superficie de 12.377 km ² del sistema acuífero compartido entre Benin, Nigeria y Togo. El agua subterránea constituye la fuente de abastecimiento de agua a una población aproximada de 4 millones de habitantes. El rápido crecimiento de la población, con una tasa del 4.5%, provoca que los amplios asentamientos humanos unidos a la variabilidad del clima, afecten a la calidad del agua subterránea. El análisis estacional de 40 pozos demuestra que la composición de las aguas subterráneas está dominada por el calcio, sodio, bicarbonatos, nitrógeno y cloruros en función del proceso de intercambio de iones en el período húmedo o seco. Se comprobó que los agentes contaminantes eran numerosos, destacando la Escherichia coli en el período seco y los estreptococos fecales en el período húmedo. Se concluye que el uso del suelo, la insalubridad en torno a las fuentes de abastecimiento de agua, la recarga inducida y el agua de mar, junto con las variaciones hidroclimáticas son los factores que causan el fuerte deterioro de las aguas subterráneas. La evaluación de la calidad de las aguas subterráneas podría contribuir a planificar la gestión de los acuíferos transfronterizos sobre la base de la escala local de la cuenca hidrogeológica.