Se presenta el desarrollo de una metodología para evaluar el impacto que cambios en las prácticas de riego y fertilización causan sobre la concentración de nitratos en el agua subterránea y la disponibilidad de esta. La metodología que se presenta esta basada en el uso de cuatro modelos de simulación conectados entre si. Se utilizó el modelo EPIC para evaluar el efecto de las prácticas agrícolas de riego y fertilización sobre la percolación de agua y lixiviación de nitratos desde la zona radicular. Se utilizó un modelo para la zona vadosa que permite calcular las tasas de recarga que llegan al acuífero, e integrarlas sobre el dominio espacial y temporal del modelo de agua subterráneas. Un modelo de aguas subterráneas fue creado usando los códigos MODFLOW-MT3D para simular el escurrimiento de agua y nitrato en un acuífero superficial ubicado bajo el área donde se centró el estudio Se aplicó la metodología evaluando el impacto que buenas prácticas de manejo tienen sobre el acuífero en estudio. Para ello se realizaron dos experimentos de simulación: El primero consistió en utilizar un algoritmo de rastreo de partículas para determinar la edad del agua que es bombeada desde un pozo ubicado en un predio de control. El segundo experimento consistió en determinar la reducción de concentración de nitrato-nitrogeno en el acuífero tras 10 años de buenas prácticas de riego y fertilización localizadas en dicho predio Los resultados indicaron que tras 10 años de aplicar buenas practicas de riego y fertilización, las mejoras en la calidad del agua subterránea sólo se producen en la parte superficial del acuífero.