Las obras del Emisario Submarino de Berria han sido un referente de la ingeniería civil, tanto por su vanguardia en las tecnologías y materiales empleados como por el enclave natural donde se han ejecutado, las Marismas de Santoña, declaradas bajo múltiples y reconocidas figuras de protección natural desde el ámbito comunitario e internacional (Red Natura 2000, Lista Ramsar de Humedales de Importancia Internacional, Importan Bird Area -IBA-…). Desde este punto de vista, la figura de la Dirección Ambiental a disposición de la Dirección de Obra, se convierte en una pieza fundamental para asegurar el cumplimiento de la Declaración de Impacto Ambiental (DIA), dar respuesta a cualquier imprevisto ambiental que pueda surgir durante el desarrollo de las obras, y asegurar la conservación de los valores naturales del entorno. A tal efecto, con el presente trabajo se pretende demostrar que con la metodología empleada, y bajo un control efectivo de diversos indicadores, cualquier actuación de esta índole puede no sólo ser compatible con el entorno, sino mejorar en fase de explotación la calidad de sus aguas, lo que redundará en la mejora de todos sus factores ambientales asociados (fauna, vegetación, procesos ecológicos, etc.). Los resultados y conclusiones del trabajo reafirman las labores y funciones de la Dirección Ambiental, que han ido mucho más allá de la estricta vigilancia de las obras.